El Gobierno Central, a través de la Secretaría de Participación, Transparencia y Anticorrupción (SPTA), promueve la evaluación de las rendiciones de cuentas para las entidades del órgano Ejecutivo, autónomas y gabinetes de gestión municipal.

Entre las medidas que la secretaria recomienda, para fortalecer la transparencia en el quehacer gubernamental, se encuentran: Preparación del informe de labores y la audiencia, realización de la audiencia y la evaluación institucional y ciudadana.

El FOSALUD como institución comprometida con la transparencia, rendición de cuentas y uso de los recursos públicos ha venido practicando los siguientes mecanismos de participación ciudadana: Entrega de informe de rendición de cuentas, el que también se encuentra disponible en la web institucional, consulta ciudadana a través de redes sociales sobre los elementos que la ciudadanía desea conocer sobre la institución y la realización del evento público de rendición de cuentas, en el que se incluyen comentaristas sociales, una dinámica de puertas abiertas para que la población expresé sus inquietudes, la transmisión del evento público en vivo y en directo a través de la web institucional y la presentación del informe al público interno.

Para 2014, la Secretaría de Transparencia implementó un mecanismo de evaluación con las audiencias una vez finalizado el evento, en cual el FOSALUD obtuvo más del 85% de aprobación.
Para el siguiente año se ejecutó un nuevo componente, el sondeo con actores sociales y público externo que le permitirá a la institución informar a la población de manera más precisa, clara y enfocada en la divulgación de los temas de interés ciudadano.